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Oggetto:

Computational Genomics and Epigenomics

Oggetto:

Genomica ed Epigenomica Computazionale

Oggetto:

Academic year 2016/2017

Course ID
BIO0109
Teacher
Prof. Paolo PROVERO
Year
1st year
Type
Distinctive
Credits/Recognition
7
Course disciplinary sector (SSD)
BIO/11 - biologia molecolare
Delivery
Formal authority
Language
English
Attendance
Obligatory
Type of examination
Written and oral
Oggetto:

Sommario del corso

Oggetto:

Course objectives

The aim of the course is to provide the students with the main concepts and tools used in the computational analysis of gene expression and its transcriptional regulation

Il modulo si propone di dotare gli studenti dei concetti e  strumenti principali per l'analisi computazionale di dati concernenti l'espressione genica e la sua regolazione trascrizionale.

Oggetto:

Results of learning outcomes

The students will be able to

  • understand the problems tackled and the methods used in analyzinggene expression and regulation data on a genomic scale, also through the critical reading of articles selected from the primary literature
  • analyze gene expression data to obtain lists of differentially expressed genes
  • analyze ChIP-seq data for transcription factor binding sites or epigenetic modifications of DNA
  • analyze the functional enrichment of gene lists obtained with the methods described above 

Gli studenti saranno in grado di

  • comprendere le problematiche affrontate e le metodologie usate nello studio di dati di espressione e regolazione genica su scala genomica, anche attraverso la lettura critica di lavori tratti dalla letteratura primaria
  • analizzare dati di espressione genica per ricavare liste di geni differenzialmente espressi
  • analizzare dati di ChIP-seq relativi a siti di legame di fattori di trascrizione  o modificazioni epigenetiche del DNA
  • analizzare liste di geni ottenute con i metodi descritti sopra dal punto di vista dell'arricchimento funzionale 
Oggetto:

Learning assessment methods

Written test and oral presentation of an article from the literature

Esame scritto e presentazione orale di un lavoro di letteratura 

Oggetto:

Support activities

Data analysis exercises in computer room

Esercitazioni di analisi dati in aula informatica 

 

Oggetto:

Program

1. Analysis of gene expression data

  • class comparison
  •  class discovery
  • functional enrichment of gene lists
  • molecular classification of pathologies

2. Analysis of gene regulation data

  •  analysis of ChIP-seq data
  • evolution and variation of gene regulation
  • evolution and variation of gene expression

1. Analisi di dati di espressione genica:

  •  class comparison
  • class discovery
  • arricchimento funzionale di liste di geni
  • classificazione molecolare delle patologie

2. Analisi di dati di regolazione genica

  • analisi di dati di ChIP-seq
  • evoluzione e variazione della regolazione genica
  • evoluzione e variazione dell'espressione genica 

Suggested readings and bibliography

Oggetto:

Slides and selected articles including:

Schmidt, D., Schwalie, P. C., Wilson, M. D., Ballester, B., Gonçalves, A., Kutter, C., … Odom, D. T. (2012). Waves of retrotransposon expansion remodel genome organization and CTCF binding in multiple mammalian lineages. Cell, 148(1-2), 335–48. doi:10.1016/j.cell.2011.11.058

Lappalainen, T., Sammeth, M., Friedländer, M. R., ’t Hoen, P. a C., Monlong, J., Rivas, M. a, … Dermitzakis, E. T. (2013). Transcriptome and genome sequencing uncovers functional variation in humans. Nature, 501(7468), 506–11. doi:10.1038/nature12531

Brawand, D., Soumillon, M., Necsulea, A., Julien, P., Csárdi, G., Harrigan, P., … Kaessmann, H. (2011). The evolution of gene expression levels in mammalian organs. Nature, 478(7369), 343–348. doi:10.1038/nature10532

Heinz, S., Romanoski, C. E., Benner, C., Allison, K. A., Kaikkonen, M. U., Orozco, L. D., & Glass, C. K. (2013). Effect of natural genetic variation on enhancer selection and function. Nature. doi:10.1038/nature12615

Slides del docente e articoli selezionati per la lattura critica, tra cui:

Schmidt, D., Schwalie, P. C., Wilson, M. D., Ballester, B., Gonçalves, A., Kutter, C., … Odom, D. T. (2012). Waves of retrotransposon expansion remodel genome organization and CTCF binding in multiple mammalian lineages. Cell, 148(1-2), 335–48. doi:10.1016/j.cell.2011.11.058

Lappalainen, T., Sammeth, M., Friedländer, M. R., ’t Hoen, P. a C., Monlong, J., Rivas, M. a, … Dermitzakis, E. T. (2013). Transcriptome and genome sequencing uncovers functional variation in humans. Nature, 501(7468), 506–11. doi:10.1038/nature12531

Brawand, D., Soumillon, M., Necsulea, A., Julien, P., Csárdi, G., Harrigan, P., … Kaessmann, H. (2011). The evolution of gene expression levels in mammalian organs. Nature, 478(7369), 343–348. doi:10.1038/nature10532

Heinz, S., Romanoski, C. E., Benner, C., Allison, K. A., Kaikkonen, M. U., Orozco, L. D., & Glass, C. K. (2013). Effect of natural genetic variation on enhancer selection and function. Nature. doi:10.1038/nature12615 



Oggetto:
Last update: 30/08/2016 16:05
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