- Oggetto:
Molecular profiling of proliferative processes
- Oggetto:
Profili molecolari nei processi proliferativi
- Oggetto:
Academic year 2016/2017
- Course ID
- BIO0113
- Teacher
- Prof. Roberto PIVA
- Year
- 1st year
- Type
- Distinctive
- Credits/Recognition
- 5
- Course disciplinary sector (SSD)
- MED/08 - anatomia patologica
- Delivery
- Formal authority
- Language
- English
- Attendance
- Obligatory
- Type of examination
- Oral
- Oggetto:
Sommario del corso
- Oggetto:
Program
DNA Sequencing Technologies
- sequencing technologies – the next generation
- exploring the genomes of cancer cells: progress and promise
- a decade’s perspective on dna sequencing technology
Whole genome (WGS) and Whole Exome Sequencing (WES) applications
- whole-genome sequencing identifies recurrent mutations in cancer patients
- a comprehensive catalogue of somatic mutations from a human cancer genome
- High-Throughput Detection of Actionable Genomic Alterations in Clinical Tumor Samples by Targeted, Massively Parallel Sequencing
- clonal evolution of cancers revealed by whole-genome sequencing
- comprehensive analysis of squamous cell carcinoma
- comprehensive analysis of breast cancer
- burkitt lymphoma (staudt)
The Cancer Genome Atlas (TCGA) Research Network e The Cancer genome Atlas PanCancer Project
http://www.nature.com.offcampus.dam.unito.it/ng/focus/tcga/index.html
RNA-sequencing (RNA-seq)
- rna sequencing: advances, challenges + opportunities
- identification of fusion genes by paired-end rna-seq
- transcriptome sequencing across a prostate cancer cohort identifies pcat-1, an unannotated lincrna implicated in disease progression (ncRNA)
Gene Expression Profiling
- gene expression profiling in breast cancer: classification, prognostication and prediction
- gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles (GSEA)
- recurrent fusion of tmprss2 and ets transcription factor genes in prostate cancer (COPA)
Proteomics
- The grand challenge to decipher the cancer proteome
- Next-generation proteomics: towards an integrative view of proteome dynamics
- SILAC/superSILAC
Epigenetics
- cancer epigenetics reaches mainstream oncology
- a decade of exploring the cancer epigenome – biological and translational implications
- quantitative comparison of genome-wide dna methylation mapping technologies
- taking the measure of the methylome
- deep sequencing reveals distinct patterns of DNA methylation in prostate cancer
- An epigenetic mechanism of resistance to targeted therapy in T cell acute lymphoblastic leukemia
Functional Genomics
- towards systematic functional characterization of cancer genomes
- second generation shrna libraries covering the mouse and human genomes
- a lentiviral rnai library for human and mouse genes applied to an arrayed viral high-content screen
- in vivo shrna screening
- Alternative methods for gene inactivation: Zn Finger Nucleases, TALEN, CRISPR
- mouse avatar
Tecnologie di sequenziamento del DNA
- tecnologie di sequenziamento in parallelo
- esplorare il genoma delle cellule tumorali: il progresso e la promessa
- considerazioni sull’evoluzione delle tecnologie di sequenziamento del DNA nell’ultimo decennio
Applicazioni del sequenziamento dell’intero genoma (WGS) e dell’esoma (WES)
- il sequenziamento dell'intero genoma identifica mutazioni ricorrenti in pazienti affetti da cancro
- il catalogo completo delle mutazioni somatiche di un genoma tumorale umano
- Rilevazione di alterazioni genetiche bersagliabili mediante sequenziamento high-throughput mirato
- evoluzione clonale dei tumori rivelato mediante sequenziamento del genoma
- esempi di analisi complete del carcinoma a cellule squamose, del tumore al seno e del linfoma di Burkitt
The Cancer Genome Atlas (TCGA) Research Network e The Cancer genome Atlas PanCancer Project
Sequenziamento dell’RNA (RNA-Seq)
- Sequenziamento dell’RNA: anticipazioni, sfide e opportunità
- Identificazione di geni di fusione attraverso RNA-Seq
- sequenziamento trascrittoma per l’identificazione di non coding RNA implicati nella progressione del cancrinoma della prostata
Gene Expression Profiling
- profili di espressione genica nel cancro al seno: la classificazione, la prognosi e la previsione
- Gene Set Enrichment Analysis (GSEA), Cancer Outlier Profile Analysis (COPA), Connectivity Map (cMAP)
Proteomica
- La grande sfida per decifrare il proteoma del cancro
- proteomica di nuova generazione: verso una visione integrativa delle dinamiche del proteoma
- SILAC / superSILAC
Epigenetica
- L’epigenetica del cancro
- Un decennio di esplorare il epigenome cancro - implicazioni biologiche e traslazionale
- Confronto delle tecnologie di mappatura della metilazione del DNA
- deep sequencing rivela modelli distinti di metilazione del DNA nel cancro alla prostata
- Un meccanismo epigenetico di resistenza alla terapia mirata nella leucemia linfoblastica acuta delle cellule T
Genomica funzionale
- caratterizzazione funzionale sistematica dei genomi del cancro
- librerie shRNA
- lo screening in vivo mediante shRNA
- Metodi alternativi per l'inattivazione del gene: nucleasi dito di Zn, TALEN, CRISPR
- Mouse avatar
Suggested readings and bibliography
- Oggetto:
